微波对人体的危害可分为非热效应和热效应两种。

　　非热效应主要是指微波照射对生物组织的某些特殊影响，其中包括电致伸缩、极化效应、光化学反应以及电磁共振效应等。对人体所产生的影响主要表现在中枢神经系统张力下降、心率减慢、白血球下降等。非热效应的机理目前尚有争议。

　　微波辐射对人体的热效应是指由于微波辐射场的照射引起生物组织或各系统的加热，因此产生伤害作用和生理影响，而且随着频率的不同而异。在设备工作频率范围内，射频辐射危害的主要器官是眼睛和肇丸，而这两种器官并不像皮肤那样富有感觉神经，难于感到微波辐射的温度上升的危险，而且又缺少作为冷却因素的血管系统。

　　当微波辐射时，体内温度比体表面要高，因此存在着在没有感觉之前体内器官已经受到伤害的危险性。据有关文献介绍，对果丸组织损害严重的将引起不育症，对眼睛损伤将引起白内障，因为眼睛的血液循环比较差，所以不能应付严重的局部加热。微波辐射会使眼睛的水晶体变得不透明，即水晶体变混浊。这和鸡蛋受热而使蛋白质由透明液体凝固成为白色固体的原理一样。